Usando a resposta "Sem novo método de software" de Como eu adiciono um aplicativo ao dash? Eu consegui criar um aplicativo chamado "Opera-new" apenas criando um arquivo em: $HOME/.local/share/applications/opera.desktop
com o seguinte conteúdo:
[Desktop Entry]
Name=Opera-new
Comment=
Exec=opera --new-window --enable-smooth-scrolling %U
Icon=opera
Terminal=false
Type=Application
StartupNotify=true
Fiquei surpreso que até o ícone apareceu corretamente.
Infelizmente, alterar Opera-new
para apenas Opera
na configuração não teve o resultado desejado, então eu tive que criar um nome alternativo para iniciar o aplicativo.