Se você formatar uma partição, o MBR não será destruído. No entanto, a entrada da tabela de partições para a partição que você formata pode ser alterada.
O Windows às vezes tem problemas para alterar as partições e outras vezes não. Seu Windows pode falhar ao inicializar depois de formatado ou particionado, mas você pode "consertar" isso com o DVD do Windows. Basicamente leva uma eternidade para mostrar a você a opção, então leva um segundo para fazer coisas reais, então está terminado.