As configurações do aplicativo são salvas em arquivos ocultos na página inicial do usuário. Geralmente em ".config".
Use o comando "la" para ver arquivos ocultos.
Vou testar a cópia ".config" e ".local" para o seu USB:
cp -Rf ~/.config ~/.local /path-to-USB/home/user
Talvez você precise de mais arquivos.
Quando terminar seu script, você poderá usar o udev para copiar arquivos quando o USB estiver conectado:
Adicione um novo arquivo chamado: /etc/udev/rules.d/96-backupPendrives.rules e escreva nele:
KERNEL=="sd*", ATTRS{vendor}=="You pendrive vendor", ATTRS{model}=="your pendrive model", ATTRS{serial}=="123465789", RUN+="/pathto/script"
Use "udevadm info -a -n sdb" para encontrar seus dados USB. Se "udevadm" não funcionar, altere sdb por sdc ou sdd, ...
Você pode executar scripts no logout da sessão no lightdm: