Eu tive um problema parecido no passado em que mexi no meu esquema de particionamento.
O que funcionou para mim foi reinstalar o Ubuntu em uma das partições. Isso criou uma nova instalação do grub, que por sua vez reconhecia todas as minhas partições normalmente.
Você também pode tentar usar um Reparo de inicialização: Obtendo instruções de reparo de inicialização