Olá, eu tive o mesmo problema, mas o resolvi instalando o kernel upstream mais recente de aqui . Em este link você pode encontrar instruções de instalação. Agora eu uso 4.6.0rc4 e funciona bem.
Eu tenho uma configuração de monitor duplo no trabalho e quando movo o cursor de um monitor para o outro, a tela pisca e às vezes fica completamente preta.
Eu gravei um vídeo para mostrar melhor o problema:
Acabei de atualizar para o Ubuntu 16.04 (instalação limpa). Isso não estava acontecendo em 15.10.
Este é um bug . O problema está corrigido no kernel 4.4.0.38.