O Guia Wubi no wiki do Ubuntu (seção de desinstalação manual) dá algumas dicas sobre como editar a ordem de inicialização do Windows Boot Manager no Vista e no XP.
No Windows Vista você pode usar o EasyBCD ou modificar o menu de inicialização via %código%; em seguida, escolha "Configurações ..." em Inicialização e Recuperação.
No Windows XP , edite C: \ boot.ini.
De acordo com este Wubi HowTo , o sistema operacional padrão pode ser alterado no Windows 7 por indo para Control Panel (Classic View) > System > Advanced system settings
e na lista suspensa Sistema operacional padrão, selecionando Ubuntu em vez de Windows.