Não há diferença entre uma unidade flash e um disco rígido USB. Ambos podem ser usados como um meio de inicialização e da mesma maneira.
Se você quiser colocar o sistema live (instalador) no disco, a partição precisa ser FAT32. O NTFS não pode ser lido neste estágio. Portanto, a partição da qual você inicializa (onde o conteúdo do live cd é colocado) precisa ser formatada como FAT32.
Você também pode instalar o Ubuntu no disco rígido externo, é claro, assim como você poderia com uma unidade flash. Essa é uma operação diferente de usar a unidade como um meio de inicialização de CD ao vivo.