O que acabei fazendo foi usar a opção "Something Else" ao reinstalar o Ubuntu no disco rígido (a partir de um live CD ou disco de instalação) e especificando a localização do gerenciador de inicialização como sdX (o disco rígido externo) .
Eu acho que ao instalar o ubuntu com configurações de particionamento expresso, o gerenciador de inicialização foi colocado no disco errado ou em uma das partições do disco. (sdX1 por exemplo.)