Eu não vejo como evitar lidar com o Windows e o Ubuntu separadamente usando o software.
- TrueCrypt para instalação do Windows. Por exemplo, este "Como Para usar o TrueCrypt para criptografar todo o sistema Windows ".
- Instale o Ubuntu usando a imagem do instalador alternativo. Eu recomendo que você use o LVM já que ele permite ter todas as partições (então LVs) em um contêiner dm-crypt. Requer uma partição
/boot, mas o LVM economiza você de mais. Veja este artigo como fazer isso: " Como instalar o Ubuntu 11.04 em um sistema de arquivos LVM criptografado " (embora um pouco antigo, ainda relevante para 12.04).
Se preferir, compre uma Unidade de disco rígido com criptografia cara, desbloqueada pelo seu BIOS no momento da inicialização, se houver suporte. Dessa forma, nenhuma configuração é exigida pelo seu sistema operacional e todo o processamento (criptografia / descriptografia) é feito pelo disco rígido em vez da CPU.