E se você quiser ficar realmente peludo e evitar aplicativos que não são instalados por padrão:
xkill -id 'xprop -root _NET_ACTIVE_WINDOW | cut -d\# -f2'
Novamente, isso parece funcionar bastante bem.
NOTA: No caso de alguns aplicativos (veja os comentários), isso pode significar que todas as janelas de um aplicativo estão fechadas. gnome-terminal
é um desses aplicativos, mas terminator
e xterm
não são afetados. Sugiro que isso seja mais um bug (talvez por design) com esses aplicativos, em vez de um com meu comando.