Você pode instalar o Ubuntu da maneira que preferir. A maioria das distribuições Linux, incluindo o Ubuntu, usa um gerenciador de inicialização. Então, quando você instalá-lo, haverá um menu que lhe dará opções para escolher qual sistema operacional executar. Você pode configurar o arquivo grub para um período de tempo limite específico e qual sistema operacional será inicializado por padrão. De qualquer maneira, haverá um gerenciador de inicialização.
No entanto, se você instalar o Ubuntu no HDD secundário e escolher inicializar a partir dele e não houver outro SO instalado, ele será inicializado automaticamente no Ubuntu. É somente quando você tem vários sistemas operacionais que você terá a escolha de escolher os sistemas operacionais.
Além disso, para responder ao seu comentário sobre o Ubuntu bagunçando o seu gerenciador de inicialização do Windows, os computadores mais novos vêm com o modo de inicialização UEFI, mas o Linux instalará o Grub ou o Grub2. Se você remover as partições do Ubuntu de um disco rígido, você precisará usar um CD de instalação do Windows ou USB para reparar o MBR para Windows. Você pode fazer isso da seguinte maneira:
- Insira mídia de reparo ou instalação
- Escolha "Reparar"
- Em seguida, selecione Solução de problemas > Prompt de comando avançado >
- Insira
bootrec.exe /fix mbr
Isso consertará o seu gerenciador de inicialização do Windows.