Instale o GNOME Shell normalmente como você faria (ignore a alteração DE no bit da tela de login).
Presumo que até agora você tenha feito logon usando o comando startx
. Então, quando você instalar o GNOME 3, tente fazer o login usando gnome-shell
(ou tente gnome-session
se isso não funcionar).
PS: Você também pode querer olhar para esta questão talvez seja útil para você.