A configuração padrão do ecryptfs no Ubuntu monta o diretório do usuário somente após o login bem-sucedido (com a chave derivada da senha do usuário). Se o usuário não estiver conectado no momento, até mesmo o root não terá acesso à versão não criptografada dos arquivos.
Para arquivos criptografados, verifique os diretórios @ .Private @ sob o subvolume @home
.