Encontrei esse problema em 12.04 e 14.04 após uma atualização. Atualizações adicionais apareceram para corrigir o problema. Eu recomendo que você execute update algumas vezes. Nesse meio tempo, descobri uma medida provisória que parece funcionar. Quando isso acontecer, selecione "efetuar login como outro usuário" (selecione outro usuário) e faça login como o mesmo usuário. Sua área de trabalho reaparece com todos os mesmos programas carregados e nenhum dado perdido.