Eu tive o mesmo problema.
Shotwell costumava comparar md5; veja Como a Shotwell detecta duplicatas? .
Não consegui encontrar como definir a variável NO_DUPE_DETECTION
. A única solução para mim foi alterar o campo PhotoTable md5 da tabela usando
sqlite3 ~/.local/share/shotwell/data/photo.db "update phototable set md5=''"
Você pode adicionar uma função a .bashrc
rmmd5 ()
{
sqlite3 ~/.local/share/shotwell/data/photo.db "update phototable set md5=''"
}
e execute-o sempre que importar.