Os iPods não suportam armazenamento USB, por isso você deve sincronizá-los como faz no iTunes.
O tocador de música padrão do Amarok deve ser sincronizado se você o abrir com o Ipod conectado, mas posso estar errado
Para uma solução melhor (na minha opinião) eu recomendo GTKPOD, este é um programa projetado exclusivamente para gerenciar seu Iper, abrir um terminal e rodar
sudo apt-get install gtkpod
Em seguida, basta pesquisar o gtkpod no menu Iniciar, ele deve atender todas as suas necessidades de Ipod e é como o Itunes, aqui está lá website