Não parece que o pycrypto seja uma dependência do centro de controle de unidade então eu não acho que isso é o que causou o upgrade do pacote. Em vez disso, eu acho que você tinha instalado uma versão mais antiga deste pacote e quando o apt viu que havia uma versão mais nova disponível se instalada para você.
Esta é a natureza do gerenciador de pacotes apt. Se você deseja ficar em uma versão específica de um pacote, sugiro que você o defina. Você pode aprender mais sobre como fixar um pacote aqui.