Então, o que mais mudou que teria atrapalhado as regras do udev? Endereço PCI de alguma forma? MAC? Uma atualização da EFI teria realmente tocado nas NICs? (Talvez se os onboards também forem Intel NICs e foi mais do que apenas uma atualização EFI ...), mas isso é realmente um exagero.
solsTiCe está certo, a regra do udev deveria ter impedido que isso acontecesse.