De acordo com o seu comentário , $file
contém uma saída de caminho de find
. Esse caminho provavelmente contém espaços.
É provável que o uso de um caminho contendo espaços em um comando o quebre. Então apenas coloque o caminho entre aspas duplas:
$ff = '/usr/bin/ffmpeg -i "'.$file.'" -vcodec libx264 -pix_fmt yuv420p -profile:v baseline -level 3.0 -s '.$RESOLUTION.' -vb '.$VB.'k -ac 2 -acodec aac -b:a 128k -ar 44100 -strict -2 -vf "movie=/datastore/logo/hello_logo.png [watermark]; [in][watermark] overlay=60:main_h-overlay_h-60 [out]" /tmp/'.$MXF.'.mp4 -y';