Como você instalou o GVim? Do terminal com
sudo apt-get install vim-gnome
ou do centro de software? Eu instalei o GVim no centro de software e defini minha fonte como você disse. Está tudo bem!
Instalei recentemente o GVim e configurei a fonte para DejaVu Sans Mono tamanho 11, mas notei que há duas linhas de pixel entre as linhas, fazendo as linhas parecerem separadas. Com o espaço de linha definido como -2, o espaçamento parece correto (eu o comparei com o gedit), mas há problemas com alguns caracteres, por exemplo, o sublinhado '_' não pode ser exibido. Isso é um bug no GVim? Estou usando o Ubuntu 15.04.
Aqui está uma captura de tela comparando o GVim e o gedit lado a lado, link
EDIT: adicione uma captura de tela
Como você instalou o GVim? Do terminal com
sudo apt-get install vim-gnome
ou do centro de software? Eu instalei o GVim no centro de software e defini minha fonte como você disse. Está tudo bem!