Sim, para qualquer coisa que ainda não esteja no pacote do Ubuntu, ou em um PPA que você tenha adicionado, você terá que instalar manualmente todas as dependências necessárias para compilá-lo. Para qualquer coisa já empacotada no Ubuntu, você pode executar apt-get build-dep $package
e instalar as dependências de compilação para esse pacote, no entanto, se houver alguma dependência adicional ou alterada do que foi usado na versão construída no Ubuntu, você ainda precisará instalar manualmente as dependências adicionais ou alteradas.