Use "--build" e "--host".
./configure --help
System types:
--build=BUILD configure for building on BUILD [guessed]
--host=HOST cross-compile to build programs to run on HOST [BUILD]
Você precisa usar ./configure --build=x86_64-pc-linux-gnu --host=i686-pc-linux-gnu
para compilar para Linux de 32 bits em um sistema Linux de 64 bits. Você ainda precisa adicionar as outras opções ./configure
.