O problema foi um bug obscuro específico dos teclados do Kinesis Advantage. O suporte técnico da Kinesis disse que outros tiveram um comportamento similar usando o Ubuntu ao usar macros programáveis. Não está claro o porquê, mas para algum hardware, quando se usa uma macro, o teclado fica desligado (sem energia usb).
Resolvi o problema excluindo uma macro que defini inadvertidamente (na verdade, ela não estava configurada para fazer nada, e foi por isso que demorei tanto para descobrir o que estava acontecendo).