Se ficar parado por um minuto, há uma boa chance de que nada esteja errado. Eu vi uma pausa nesse ponto às vezes eu mesmo.
Enquanto o nautilus acha que está escrevendo no gravador, alguns dos dados estão sendo gravados no cache gerenciado pelo kernel. Também é possível que alguns dos dados que o kernel gravou no stick ainda estejam sendo processados pelo firmware no pendrive.
Quando o arquivo é fechado no final da cópia, o kernel garante que praticamente todos os dados tenham sido gravados. Quando você pede que o stick seja ejetado ou desmontado, o kernel sincroniza com o bastão para ter certeza de que tudo foi escrito. Esta é a razão para não apenas retirar o bastão sem ejetá-lo ou desmontá-lo.
Se a cópia for reiniciada, tente outro palito para ver se o problema é a mídia ou se há um bug no seu sistema.