Infelizmente, devido a um bug no Qt, não é possível ativar o menu global em alguns aplicativos do Qt, como VLC. Assim que o bug for corrigido, o VLC usará o menu global como de costume.
Se, no entanto, você usar a versão de compilação diária do VLC, o menu global funcionará bem. Você pode obtê-lo a partir do seguinte PPA :
ppa:videolan/master-daily