Primeiro de tudo, você pode tentar limpar alguns pacotes baixados executando comandos
sudo apt-get clean
sudo apt-get autoclean
Parece que você mistura diretórios / e / boot. O software não está instalado no diretório / boot. Mas poderia ficar fora de lugar por causa da atualização da imagem do kernel e dos cabeçalhos. Você pode remover kernels antigos usando synaptic.
Em geral, não é uma boa ideia criar uma partição / boot separada. Isso não traz benefícios para computadores desktop, mas pode causar problemas como o seu.
Não há uma boa maneira de manter as imagens do kernel em qualquer lugar, mas / boot. Eu sugiro para mesclar / boot com /, mas não é muito fácil para um iniciante. Talvez faça sentido reinstalar o sistema, mantendo sua partição / home. Eu acho que você tem separado. Você pode remover / boot partiton e aumentar / no gparted. Você pode fazê-lo depois de inicializar a partir do LiveCD.