Depois de usar o amdcccle para definir os monitores conforme necessário, aplique e saia do sistema - > Preferências - > Resolução da Tela [ou Monitores no Debian], verifique se está mostrando a resolução que você configurou no amdcccle e clique em aplicar.
Da próxima vez que você reiniciar ou fizer login, as configurações serão preservadas.