Primeiro você precisa executar "scandisk / f" na partição do Windows para reparar qualquer arquivo corrompido. Minha experiência é que remover a unidade e colocá-la em outro PC como unidade escrava ou externa é a melhor maneira de fazer isso. Depois que o scandisk for executado, retorne a unidade ao seu PC original e tente inicializar (não se esqueça de redefinir os jumpers da unidade se você os tiver movido). Se ainda não estiver inicializando, inicie uma sessão de DVD ao vivo do Ubuntu e execute o reparo de inicialização que deve fazer com que você reinicie novamente.