Parece que você tem o pacote python-numpy instalado no Ubuntu, e você também instalou o pacote usando pip. Você provavelmente deseja remover o pacote python-numpy. Veja instalação do apt-get install vs pip para mais informações.
Estou usando o Ubuntu 14.04.2 LTS em uma máquina de 64 bits. Percebi que sempre que eu atualizo e atualizo o Ubuntu usando o sudo apt-get update & amp; & amp; sudo apt-get upgrade a versão numpy no Python reverte para 1.8.2. É uma coincidência ou há algum problema sistêmico associado à atualização do Ubuntu. Anteriormente, eu tinha o numpy 1.9.2 instalado. Btw, Scipy, matplotlib, etc permanecem intocados.
Parece que você tem o pacote python-numpy instalado no Ubuntu, e você também instalou o pacote usando pip. Você provavelmente deseja remover o pacote python-numpy. Veja instalação do apt-get install vs pip para mais informações.