Um colega corrigiu isso para mim:
Basicamente, passamos por todos os diretórios ocultos no diretório inicial e os movemos para uma pasta de backup ...
Foi depois de remover ~/.gconf que notei que tudo, lentamente , começou a corrigir-se.
Uma vez inicializado, notei que a fonte estava de volta à fonte normal do Ubuntu, e então, diante dos meus olhos, a barra de menu global apareceu na barra superior e então as cores voltaram magicamente para a vida.
A última coisa a se corrigir foi o ponteiro do mouse, que reduziu em tamanho quando eu estava digitando essa resposta .
Por mais que isso tenha resolvido o meu problema, eu realmente não tenho a menor idéia do porquê isso ocorreu, ou qual arquivo dentro do gconf foi o culpado ...