Pessoalmente, acho que seria melhor ter ambos os sistemas operacionais instalados na mesma unidade e ter essa unidade como a que inicializa. Em seguida, inicialize e quando o GRUB solicitar que você escolha um sistema operacional, anote o número de pontos abaixo da opção do Windows, mas inicie o Ubuntu.
Quando estiver no Ubuntu, abra um terminal e faça com que você possa alterar o arquivo grub usando o comando:
% bl0ck_qu0te%Agora abra-o para edição no terminal com:
% bl0ck_qu0te%Usando as setas, vá até onde diz GRUB_DEFAULT e mude o número depois de quantos pontos estiverem a inicialização do Windows, menos 1. (Então, se fossem 3 pontos abaixo, você usaria 2, por exemplo). Agora, vá para onde diz GRUB_HIDDEN_TIMEOUT e altere o número depois disso para 0. Abaixo disso, ele diz GRUB_HIDDEN_TIMEOUT_QUIET, altere-o para "true" depois disso. (Certifique-se de que você não está tirando os dois pontos entre cada seleção e o que eu lhe disse para entrar, e que você está substituindo o que estava lá anteriormente, não simplesmente adicionando a ele. Isso pode parecer bastante óbvio, e você pode sentir o esclarecimentos são desnecessários, mas eu não quero que você acidentalmente estrague seu arquivo grub além do reparo simplesmente porque eu não estava claro o suficiente.) Agora pressione Ctrl + X e ele perguntará se você quer salvar. Aperte "Y" e ele pedirá um nome de arquivo para salvar como. Basta apertar "Enter". Agora você precisará executar um comando final para finalizar isso:
% bl0ck_qu0te%Agora, ele deve inicializar automaticamente no Windows sem a pasta GRUB e, se você quiser inicializar o Ubuntu, enquanto o computador liga (antes de iniciar o SO), pressione Shift e mantenha pressionado até que o As opções do GRUB aparecem. Você poderá inicializar o Ubuntu com essas opções do GRUB.
Acho que essa seria a maneira mais fácil de inicializar automaticamente o Windows, mas com o Ubuntu disponível. Eu acho que é muito melhor do que ter os dois instalados em unidades diferentes.