Se o JDK ainda estiver instalado, use o Synaptic Packet Manager e procure por ele, se encontrado, selecione Remover completamente do sistema.
Pesquise também por netbeans, embora provavelmente tenha desinstalado.
Agora você tem que excluir manualmente as pastas, razão pela qual elas ainda existem, elas contêm suas configurações pessoais e arquivos do usuário.
E enquanto você tiver o Synaptic open look para os pacotes Residual unused, ele deve estar na aba "Custom Filters" no canto inferior esquerdo. Se encontrado, você pode removê-los completamente do seu sistema!
Melhor da sorte