Agora eu descobri qual era o problema. Não foi nenhum problema de configuração com o apache ou php.
Parece que o valor short_open_tag
no php.ini padrão foi alterado de On
para Off
.
Todas as minhas fontes php começam com <?
Eu não tive a ideia de que esse poderia ser o problema e sempre experimentei várias configurações sobre o apache.
Não consegui entender por que alterar valores como esse por padrão.