Você pode usar um editor de menu como o Alacarte (pacote alacarte , a entrada do menu é denominada "Menu principal") para modificar o menu.
Para cada item de menu, há um arquivo .desktop em /usr/share/applications ou $HOME/.local/share/applications/ . Você pode tentar encontrar os arquivos lá e removê-los.
A Alacarte não removerá os arquivos se você remover um item de menu, mas adicionará uma linha
Hidden=true
que faz com que o item não seja exibido.