Estou executando o Ubuntu 12.04 no meu Toshiba Chromebook 2 via crouton (estou usando o ambiente de desktop xfce4, portanto, não forneça as correções do Unity) e estou tentando executar um programa .jar pelo OpenJDK6. Eu simplesmente não consigo fazer isso funcionar. Toda vez que eu tento me diz que não é executável. Não há caixa de seleção para torná-lo executável e chmod e sudo chmod não estão funcionando. Por favor me ajude!
Se no terminal, basta digitar java -jar /path/to/your/file.jar e pronto.
Se você quiser iniciá-lo da maneira gráfica, precisará de um arquivo *.desktop . Olhe em sua documentação ou em esta resposta.
Para Exec= simplesmente use o comando acima.