Você deve poder trocar as chaves com xmodmap se não conseguir fazer isso com setxkbmap . Você precisa do modificador remove Lock para caps lock, pois é uma chave 'especial'.
remove Lock = Caps_Lock
keycode 66 = Escape NoSymbol
keycode 9 = Caps_Lock ISO_Next_Group
Você pode colocar o acima em ~/.Xmodmap , que ainda é lido na inicialização se o comando correto estiver em ~/.xinitrc , conforme explicarei mais adiante nesta resposta:
No entanto, não é possível misturar facilmente os comandos xmodmap e setxkbmap , pois o último cancela as alterações feitas com o primeiro, como discutimos nos comentários.
Para executar estes comandos xmodmap no terminal para testá-los, você executaria, por exemplo,
xmodmap -e "remove Lock = Caps_Lock"
mas você só colocaria remove Lock = Caps_Lock no seu arquivo ~/.Xmodmap , como explicarei em mais detalhes na minha resposta vinculada acima.