Muito do ponto de reinstalação é que algo deu errado - então, se ele mantivesse todos os seus programas instalados, ele não faria nada. No entanto, ele manterá seu diretório inicial, portanto, você não deve perder dados - ou pelo menos tentar ...
O apt-get tem a facilidade de fazer isso, pacote por pacote: man apt-get
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para que você possa reinstalar um pacote corrompido, ou alguns, sem começar do zero.