Você pode redefinir o painel executando o comando xfce4-panel --quit ; pkill xfconfd ; rm -rf ~/.config/xfce4/panel ~/.config/xfce4/xfconf/xfce-perchannel-xml/xfce4-panel.xml ; xfce4-panel;
( Source )
Se isso não redefinir o menu do Whisker, você poderá tentar sudo apt-get purge xfce4-whiskermenu-plugin
e sudo apt-get install xfce4-whiskermenu-plugin
( Origem para o nome do pacote)