A principal diferença é de onde você está inicializando - o disco rígido do computador ou a unidade USB.
Há algo chamado um arquivo de persistência que você pode criar quando cria a unidade USB inicializável se houver espaço suficiente.
Coisas que você salva em seu arquivo de persistência devem estar disponíveis, não importa de qual PC você inicialize. Dito isto, você também pode salvar arquivos em qualquer disco rígido (disco rígido) presente no computador do qual você está inicializando. Aqueles seriam locais para o PC. Eu não recomendaria escrever muito em uma partição que outro sistema operacional usa (como o Windows) - aqui está um link com um passo a passo para instalar também: link