Você provavelmente não instalou nenhum ambiente de desktop para o Ubuntu, portanto, quando você inicia o Crouton, ele inicia apenas o X.Org X Window System, em vez do ambiente de desktop Xfce. Quando você instalou o Crouton, o comando correto a ser usado para instalar o X.Org, o que você precisa, e o ambiente de desktop Xfce é:
sudo sh ~/Downloads/crouton -r trusty -t xiwi,xfce
A -e
option If not interactive, exit immediately if any untested command fails.
que você usou antes é opcional no comando acima.
O comando para entrar no ambiente de área de trabalho depois de instalado é:
sudo startxfce4