(desculpe não pode comentar ainda)
Eu olhei para essa questão antes.
Tenho certeza de que é específico do aplicativo. A aplicação toma uma decisão onde a janela será colocada.
Existe um arquivo de propriedades onde você pode especificar a posição / tamanho e outras propriedades. Mas eu não vi propriedades de seleção de exibição.
Basicamente você tem que lidar com o Nautilus.