Você pode impedir que o Ubuntu se conecte automaticamente a conexões Wifi sem excluir a entrada de conexão em si.
Vá para: network-indicator
> Editar conexões > Sem fio
Selecione a entrada que você não deseja conectar automaticamente. Uma vez selecionado / destacado, clique no botão "Editar" no lado direito da janela. No topo da janela que se abre, você verá uma opção para desativar "Conectar automaticamente".