A resposta à sua pergunta é diferente se o seu sistema for inicializado com o Windows. Muitos neste site parecem insistir que as botas duplas são normais, ao contrário de uma idéia geralmente ruim. Se você deseja apenas substituir o Ubuntu por uma nova instalação, sua melhor aposta é inicializar em um live boot cd / dvd / usb e selecionar a opção de instalação "use a unidade inteira".
Eu provavelmente não preciso dizer a você para fazer backup de seus dados valiosos primeiro, mas no caso de eu precisar contar para você ... lá estou lhe dizendo! ; -)