Procure em seu diretório pessoal e veja se você tem um diretório chamado "~". O uso de citações pode ter causado o problema, substituindo o atalho do diretório principal do shell pelo caractere de til real. Veja se os arquivos estão presentes. Renomeie o diretório '~' (e use aspas já que você quer dizer o diretório "~", não o seu diretório pessoal) para algo menos confuso como o Mathematica, e mova-o para o diretório Desktop.