O seu disco rígido tem o SMART (auto-monitoramento-algo - ele prevê quando o disco será descartado antes que aconteça)? Se sim, você poderia procurar por qualquer ferramenta que seja capaz de ler esses valores (Windows: SIW, hwInfo, Defraggler - Ubuntu:?), Pois seu problema me parece um problema de hardware. Pense em fazer o backup de arquivos importantes, o que nunca é uma falha. Se realmente for um problema de hardware (o disco rígido vai morrer em breve), você deve evitar giros / interrupções desnecessárias, então mantenha-o em execução o maior tempo possível ou mantenha-o desligado, mas evite muitos reinícios.