Ok, então eu consegui consertar isso, mas de uma maneira bem heterodoxa, eu acho.
Como eu disse, meu problema em particular consistia em uma partição estendida, infinita e vazia, inútil, que não podia ser deletada com nenhuma das ferramentas GNU recomendadas para esses casos.
Ele pode ser excluído com o instalador do Windows 7. No entanto, isso estraga toda a tabela de partições, então você precisa recuperá-la usando testdisk (não, eu não poderia fazer isso antes da exclusão).
Depois disso, você precisa recuperar seu GRUB com um CD ou mais.
Espero que isso ajude alguém no futuro.