Você poderia instalar devilspie2 ou devilspie se preferir.
#sudo apt-get install devilspie2
#cd ~/.config
#mkdir devilspie2
#cd devilspie2
crie um arquivo de script
#nano steam.lua
por exemplo, se você quiser colocar os amigos e as janelas principais sempre no topo, coloque as linhas no script.
if get_application_name()=="Steam" or get_application_name()=="Friends" then
make_always_on_top();
end
Para criar scripts, é muito útil executar o devilspie2 com a opção -d e um script com:
debug_print("Window Name: " .. get_window_name());
debug_print("Application name: " .. get_application_name())
Assim, você pode ver a janela e o nome do aplicativo das janelas abertas.
Nota: Você também pode tentar com uma versão GUI deste programa gdevilspie , mas tem alguns problemas