Aqui está meu melhor conselho. Desconecte o disco rígido do Windows completamente durante a instalação. Você pode resolver os problemas do GRUB mais tarde, mas o risco para a instalação do Windows é maior durante a instalação do Ubuntu. (e o outro caminho ao redor).
Como para os jumpers master / slave, aconselho que você adquira o hábito de usar o CS (cable select), que aproveita os cabos que possuem seleções de endereço internas para que eles determinem qual é qual.
Então, para resumir sua pergunta sobre o porquê, qualquer coisa, eu simplesmente não sei, mas posso dizer como fazer as coisas funcionarem. Faça a instalação com apenas uma unidade presente e você provavelmente não terá mais problemas. Eu também aconselho você a deixar o Ubuntu apagar e usar toda a unidade, permitindo que ela defina os tamanhos das partições. Quanto à unidade de troca, eu pessoalmente recomendo o uso do " Gerenciador de Espaço de Troca Dinâmico " porque ajusta o espaço de troca conforme necessário.