Esses são armazenados em ./.local/share/Empathy/logs/
se armazenados localmente (pelo menos em versões antigas do Ubuntu, não usei muito depois que instalei 14.10). Se eles forem armazenados remotamente, esse é provavelmente o método a ser usado ( kudos para Corbin052198 @ ubuntuforums ):
- Abra a lista de amigos do Empathy.
- Clique com o botão direito do mouse em um nome de usuário e clique em "Conversas anteriores".
- Em algum lugar nos menus, há uma opção para excluir todo o histórico de bate-papo.
- Selecione em quais contas deseja limpar o histórico (ou escolha todas elas) e clique em Limpar.