Você tem o "Universo" ativado? Veja aqui: link
No meu Ubuntu 14.04 está tudo ok instalando python-scipy
:
[romano:~] % apt-cache policy python-scipy
python-scipy:
Installed: 0.13.3-1build1
Candidate: 0.13.3-1build1
Version table:
*** 0.13.3-1build1 0
500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty/universe amd64 Packages
100 /var/lib/dpkg/status